一、搭建成本
小程序：
目前还没有接触过小程序的人可能不大清楚这个成本，但业内人士都清楚，从几千到三两万，足够作出一个基本满足你需求的小程序，这个价钱不会差太多，但是再过些日子，将会愈发透明化。
微信商城：
价钱较低的，如四千多起步，价钱较高的达二万多一年。二者在这方面相对来说并没有太大的价差。
但是市场上原来做微信商城的第三方公司，基本上都早已清楚小程序的趋势将不可抵挡，所以做微信商城的技术商果断加入来分切这块面包。
二、功能差别
不得不说，小程序的功能支持早已超出好多人预期。就目前来说，二者在功能上已然很难说出谁优谁劣，但未来肯定是小程序优于微信商城。
首页展示、商品管理、会员体系、营销系统、财务系统、数据管理、管理与配送、O2O系统、分销、多商户等等，这种大的版块上，小程序早已基本实现功能满足。
且小程序可设计性、改造性较强，可以依照自己的需求开发出不同特色的小程序，满足各个行业领域的需求，微信商城在这方面略显笨拙。
但微信商城其实是早已相对成熟的体系，所以在和其他的系统或平台对接上有显著优势，且在这种大的功能版块上，细节优化更好。
三、用户体验
使用体验：微信商城的优势在于它一个健全的商城体系：例如说商城层级较多，可以愈发清晰的展示产品，购物体验愈发良好，在页面流畅度上目前二者没有显著区别。反之，小程序在使用体验上则有待建立。
打开形式：
打开方法是微信商城的劣势：须要用户关注公众号，点击自定义菜单，步入对应页面起码三步操作，相对于小程序打开商城的操作步骤较烦琐。
小程序没有任何打开层级，直接扫码或则点击才能打开，堪称一步到位。
四、营销场景
小程序在这方面无疑是优势凸显，虽然小程序主打的就是场景化营销。
微信商城目前未能独立展示，必须依托于公众号。而小程序不仅可以在搜索框直接搜索步入微信商城和小程序，群聊存留，用户使用过后存留等线上入口外，线下更是有无数种诠释入口，那些是微信商城不能相比的。
使用场景的不同，也造成二者的目的略有不同。微信商城意图吸引粉丝，留住粉丝，培养顾客；而小程序倡导用完即走，便捷消费者，但对商户而言较难留。
五、运营管理
微信公众号是基于粉丝营运的，这点是毋庸置疑的，不管是原创内容，还是各类营销活动，无非是为了吸粉、培养、再引导她们到商城上面消费转化。
所以做一个必须依托于公众号的微信商城只是开始，后期营运和推广是核心。但营运这个问题目前大多数店家没有能力去解决微信商城和小程序，对于店家来说是个头痛的问题，这就指出专业营运团队的重要性。
但小程序就比较简单粗鲁，理想状态是基于用户的使用和消费场景，用户须要订购哪些东西，恰巧有个对应的小程序出现，交易就能达成，省却中间所有的环节。
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